Historia tego niezwykłego miejsca ma swój początek w drugiej połowie XIV wieku, kiedy to erygowana została tutejsza parafia. W tym czasie za sprawą Grzegorza z Błogocic powstawały Zemborzyce, i dla umacniania wiary miejscowego ludu postanowiono wybudować tu  kościół.
Pierwsza wzmianka o kościele, podówczas drewnianym pochodzi z 1428 roku. W okresie reformacji Zemborzyce stanowiły ostoje wiary katolickiej. Według ówczesnych kronikarzy w tym czasie kościół określany był jako „zadbany i dobrze wyposażony”. W kolejnych wiekach stanowił oparcie dla umacniania polskości i wiary katolickiej na tych terenach.
Dzisiejszy kościół powstał na początku poprzedniego wieku i zbudowany został w stylu neogotyckim. W jego wnętrzu możemy zobaczyć cenne wyposażenie i dzieła sztuki sakralnej z dawniejszego okresu. Szczególną uwagę przyciąga Figura Chrystusa Miłosiernego w centrum neogotyckiego ołtarza. Na zasuwie zobaczymy patrona św. Marcina z Tours. 
W lewej nawie kościoła w ołtarzu bocznym znajduje się XVIII obraz Matki Bożej Szkaplerznej, w prawej natomiast obraz Matki Bożej Nieustającej Pomocy.
W kościele znajdują się relikwie św. Andrzeja Boboli – patrona Polski.
Na uwagę zasługują również: obraz św. Mikołaja, św. Kazimierza królewicza Jagiellończyka oraz ambona z wizerunkami 4 ewangelistów.